生产纳豆激酶有两种做法。
一是考虑到纳豆激酶属于高分子物质，所以只要将高分子物质抽取出来即可。但是用这种方法纳豆中的维他命和纳豆菌也会一起被舍弃掉。
另一种方法是有选择地抽取纳豆菌和纳豆菌的副产物。用这种方法的话，纳豆菌中所包含的全部的物质都有可能抽取出来。两种抽取方法谁优谁劣可谓一目了然。生产的纳豆激酶粉末含有纳豆菌所能生成的全部物质。正因为如此，能够生产自然的、稳定性高的纳豆激酶粉末。