新鲜的纳豆是整粒的黄豆被一种较强的黏物质粘在一起，豆粒之间灰白色的黏液，用筷子挑起的丝可拉出一米多长，气味独特。在食用之前，用筷子搅拌，搅拌的时间越长，黏度就越大，味道也就越好，纳豆的味道先苦后甜，在食用时可以加入适当的佐料。首先把它放入碗里，用筷子均匀的搅和。然后把准备好的佐料--比如葱末、蒜末、紫菜末、生鸡蛋等放在上面再均匀的搅拌，最后可以适当的加入一点酱油和芥末。在这里，佐料的作用不仅是使纳豆吃起来更加美味，更重要的是它与纳豆本来的药效作用相结合，可以增强纳豆的效果。葱、姜、蒜是我们日常食用的调味料，在纳豆中加入适当的葱可以促进食欲，防止疲劳和情绪波动，增强大脑活力。姜与纳豆结合，可以提高纳豆杀菌、发汗和保健的功能，同时对肠胃也有十分有益。总之，根据个人的口味加入适当的调味料，纳豆的效果可以得到明显的增强，在强化免疫力、提高大脑思考能力、防止老化和痴呆等方面都会有更好的作用，另外，纳豆制成后最好在1--7天内食用，因为它是一种发酵食品，所以在存放过程中会进一步发酵，时间久了味道就会变得过浓，而且其中不溶于水的氨基酸也会结晶。虽然那样也可以吃，但是口感会受到很大影响。
用纳豆做的菜各种各样，要注意的是不要烧得过热，以便防止纳豆菌死灭。可以尝试把纳豆炒在饭里面或放在咖哩饭、蛋包饭中、只要避免长时间煮、炒，纳豆效果就不会被破坏。同时，如果和白萝卜、油菜一起吃，可摄取纳豆中缺乏的VC、淀粉A和矿物质等，有美容养颜的功效：如果和菠菜一起吃，可缓解更年期种种不适症状。
纳豆是上天恩赐的天然保健食品，可以像青菜豆腐天天吃。纳豆可以做甜食，做凉拌菜，绞碎做汉堡，或菜炒好后再加入纳豆拌炒一下，可随心所欲调好料：纳豆搅拌后，有很多黏稠的丝，口感很独特。（初期给孩子吃，最好以果汁，饼干泥等较好吃、比较没怪味道的方法让孩子适应纳豆的味道，否则纳豆再营养，孩子一开始不接受，以后再要他接受也很难。）